過了一陣子(出海晃30天)，主角回桑給巴爾後找碼頭官員，聽說紳士已經抵達，主角到了廣場一看，原來是湯馬士財務官，他表示因為英國財政已經瀕臨崩潰，非常需要馬克萊格爾的財寶，所以他親自前來看情況，主角向他表明財寶在印度的卡利卡特，萊薩已和馬克萊格爾前往取回。湯馬士財務官不放心，便要求主角前去幫忙取回財寶，同時也發給了印度的入港證。

  主角再跟湯馬士財務官談話，他提到因為財政及西班牙強硬的交涉下，可能無法繼續提供「海上旅團」援助。就在主角出航前，佛雷德瑞克趕到，並表示英國與「海上旅團」合作終止，必須前來告知萊薩並處理後續問題，便和主角一同前往印度的卡利卡特。

  主角到了卡利卡特。收到風聲，有一個女軍官在某某宅府，佛雷德瑞克表示應該是萊薩，便到宅府中找萊薩。見到萊薩，她卻面有難色，表示馬克萊格爾的財寶觸礁，可是萊薩的戰船太大無法靠近，佛雷德瑞克表示僱用小船就可以解決，但被馬克萊格爾反駁表示事情沒那麼簡單，兩人吵了起來，萊薩快受不了。這時佛雷德瑞克想到卡利卡特有一個很有名的商人桑傑伊也許能幫上忙，於是就分派任務請主角去休息站打探他的消息。

  到了休息站，主角問到了商人桑傑伊人在廣場，便趕往廣場。到廣場找到桑傑伊，他表示他要分到五分之一的貨物才肯幫忙派小船去打撈。佛雷德瑞克不肯並又與馬克萊格爾吵了起來，萊薩火了要他們閉嘴並答應桑傑伊的要求。之後主角到港區(出港再進碼頭廣場，銀行前的海岸邊)找到桑傑伊，詢問打撈情形，他表示打撈完成，眾人表示要回倫敦時，桑傑伊請主角路過莫三比克時幫忙轉交東西給交易所主人。

  

  出港時馬克萊格爾問萊薩跟佛雷德瑞克是什麼關係，萊薩說佛雷德瑞克只是朋友，馬克萊格爾對此存疑。回程到莫三比克，主角將東西交給交易所店主後得到金錢30000及一個珊瑚梳子。出港前主角一行人遇到了兩個西班牙兵，正準備逮補主角等人，這時佛雷德瑞克和萊薩合作無間的騙倒了他們並將他們扁了一頓。出航時，馬克萊格爾表示佛雷德瑞克和萊薩合作無間的表現顯示，兩人之間也只有男女間的友情這麼單純。

 

 

  主角一行人回倫敦後，一入港就收到女王要見主角的通知，一行人便往王宮出發。主角進入王宮，跟薩塞克斯伯爵對話後進入謁見廳，萊薩向女王報告討伐大海賊並取得其財寶的成果，女王也很讚賞。馬克萊格爾也很乾脆的承認自己的失敗，並等待女王的處置。此時女王忽然抽出配劍，並要馬克萊格爾覺悟！？只見劍尖落在馬克萊格爾的身上，原來不是要殺他，是要封他為騎士爵，並希望他能為英國效力。

  儀式結束後，萊薩等人都為女王的寬大感到佩服。之後主角一行人出了王宮，眾人發現佛雷德瑞克還沒回來，覺得很奇怪。在聽完格爾頓的話後一行人到了碼頭官員處打聽消息，這時佛雷德瑞克的船才剛好進港，萊薩上前質問為何這麼晚才回來，佛雷德瑞克表示他在中途跟丟了，所以才會現在才到。不過對於佛雷德瑞克航海技術很瞭解的萊薩對這個理由並不太信服。之後佛雷德瑞克表示要去確認貨物然後就溜了。

 

  過了不久(海上30天)，主角再一次回倫敦時，一入港又收到女王要見主角的通知，到了王宮，萊薩也在那。女王表示大海賊的財寶已經處理完畢，比原先估想的還要多很多，不但足夠一次償還所有的欠款，同時也還剩下相當的量可供利用。因此女王希望主角與萊薩再次去與「海上旅團」談合作的事情，並表示這次不會再理會西班牙對於此事的抗議，將成為「海上旅團」的堅強後盾。

  

  女王表示根據情報，「海上旅團」目前藏身在奧斯陸，，並命令萊薩和主角前去尋找。就在離開王宮前，主角和湯馬士財務官聊了一下，他提到雖然大海賊的財寶相當驚人，不過在對比了主角的船積載量和財寶的數量卻發現財寶數量短少了一部份，對此萊薩也感到疑惑。不過主角等還是先執行任務前往奧斯陸。

  到了奧斯陸，主角和格爾頓分頭到處打聽「海上旅團」的下落，最後在酒館船員處打聽到了他們就在港外不遠處。主角走到港邊的碼頭處，和格爾頓發現了佛雷德瑞克和埃格蒙特的船艦，同時萊薩也發現他們的裝備全部都換成最新式的，於是萊薩上前質問佛雷德瑞克錢的來源，而佛雷德瑞克則是支吾其辭，最後再聯想到湯馬士財務官的話及佛雷德瑞克遲到的事情，原來佛雷德瑞克是因為盜取了部份大海賊財寶所以才會遲到，也因此才會有積載量與財寶量有差異的情形。萊薩對於佛雷德瑞克的行為不能諒解，於是跟佛雷德瑞克大吵了一架，同時也因為「海上旅團」不再需要英國因此合作案宣告破局。

  出港時，萊薩對於被利用一事始終耿耿於懷，並且回想到過去被佛雷德瑞克從海中救上來時依稀聽到的對話，認為當初佛雷德瑞克救她是因為看到她的家族紋章，知道她是英國貴族，為了利用她和英國所以才會救她。為了將結果向女王說明，一行人又回到了倫敦王宮。萊薩將事實全盤向女王說明，並對遭到利用及無法完成任務一事感到自責。女王對此並沒有加以責罰。主角等人離開王宮後，萊薩認為自己的行為已經失去當軍人的資格，於是便自行離去了。

 

  經過一段時間，主角在進入賽維爾或阿姆斯特丹的時候，於街上聽到了阿爾巴公爵與英國女王交惡的傳聞。到了出港前，有使者傳信表示女王有急事要見主角，於是主角就火速回到倫敦。在主角往王宮的途中，聽到路人對於跟「海上旅團」合作破局一事的評論，及女王正在強化海軍的事情。

  主角到了王宮後，發現萊薩與馬克萊格爾也在那邊。原來這次的命令是女王要我們去襲擊西班牙運輸武器至加勒比海的船隊，但因為還不想正式跟西班牙正式撕破臉，所以要主角偽裝成海盜的樣子。於是主角得到了海盜的紋章(大海盜徽章)及加勒比海入港證，馬克萊格爾也終於知道找他來的原因，並對此躍躍欲試。而萊薩則要證明沒有「海上旅團」的協助，海軍一樣有能力完成各種任務。於是主角一行便前往加勒比海尋找武器輸送船。

  

  最後在聖胡安的北邊不遠處找到頭上有驚嘆號的敵艦，一行人便與對方的四艘商用大型卡瑞克帆船與一艘重型卡瑞克帆船戰鬥，主角方只有主角和萊薩兩艦。經過一翻死鬥，終於擊滅敵人。而萊薩在這場戰鬥中不顧他人勸阻，瘋狂的攻擊敵人，將敵人打的體無完膚。

 

 

  主角一行回倫敦時，對於全力戰鬥的萊薩，馬克萊格爾非常讚賞並認為她有當海賊的天份，問她要不要當他的夥伴一起在加勒比海打劫西班牙的船。萊薩則拒絕了這個提議並且提到佛雷德瑞克的事，此時馬克萊格爾才瞭解他們之間的事情。

  主角一行回倫敦時，一到街上就發現一陣騷動，原來是西班牙派了使者過來，而那個使者似乎不懷好意。聽完傳言，主角等便火速前往王宮。

  

  主角一進入王宮，跟湯馬士財務官聊了一下，他說使者是「那個人」，進入謁見廳才發現原來是叛國賊克林格利奧，克林格利奧已經成為阿爾巴公爵的手下，並表示西班牙知道加勒比海的海賊是英國所指使的，要女王給他一個交代，女王則回以克林格利奧叛國的事情，並表示這件事跟英國無關。克林格利奧嗆聲說此舉是對阿爾巴公爵宣戰，於是雙方不歡而散。

  主角等人回報戰果後出了王宮，萊薩為了探查克林格利奧的後續動作，便先行離去了。

 

 

  過了一陣子，在一次出海歸來倫敦的時候，主角在進港時，聽到海軍聚集在密德爾頓府，似乎在商討大事。於是主角便前往密德爾頓府瞭解實際情形。一到了密德爾頓府，萊薩正好接到克林格利奧正在集結艦隊的情報，想在克林格利奧集結完成前搶先一步擊潰對方，便邀主角一同前往王宮謁見女王。

  兩人進入謁見之間後，萊薩向女王表示克林格利奧正在集結艦隊，請女王同意她讓她出擊，趁克林格利奧未集結完成時先行奇襲克林格利奧。然而女王卻認為要等在加勒比海掠奪的馬克萊格爾回來，戰力充足後才可以去討伐克林格利奧，否決了萊薩的提議，並嚴令禁止海軍出擊。出了王宮，萊薩便心有不滿的離去了。（漂10天左右）

  主角到了倫敦碼頭正準備進行下一次航海時，碼頭通知密德爾頓府傳言請主角到密德爾頓府一趟。主角趕到的時候萊薩的兄長威廉告訴主角，萊薩辭去海軍的職務獨自前去偷襲克林格利奧的艦隊，因為怕她出事，加上主角的船速度較快，請主角先行往塞維爾追上萊薩並阻止她，威廉並表示他隨後就到。

  在經過長途航行後，主角終於在塞維爾，外海追上了萊薩，但卻發現萊薩被西班牙艦隊所包圍。原來是克林格利奧故意放出風聲要誘使萊薩中計的。敵人大約是五台蓋倫帆船等級，主角方面只有萊薩一艘友軍，經過一番死鬥後，主角終於突破敵人讓萊薩可以逃出敵人的包圍。此時威廉也抵達並加入戰局，不過卻不幸被敵人擊中而受到重傷，主角等人便急忙將威廉送回倫敦治療。

 

  回到倫敦後，眾人將威廉送回密德爾頓府，萊薩一方面也因為自己的莽撞行動造成這樣的結果感到自責，一方面也為了照顧威廉而留在房裡。

  

  主角出了密德爾頓府，在屋外遇見馬克萊格爾，原來他從加勒比回來，並知道了整件事的經過。馬克萊格爾認為萊薩這一陣子失常的表現都是因佛雷德瑞克的關係，解鈴還需繫鈴人，因此請主角前往阿姆斯特丹找佛雷德瑞克，並將他帶回來見萊薩。

  主角接受請求，並啟程前往阿姆斯特丹。到了阿姆斯特丹外海，卻發現大批頭上有驚嘆號的西班牙艦隊在阿姆斯特丹外海，主角只好用武力突破，以一敵五艘軍用蓋倫帆船，並成功的突破封鎖進入阿姆斯特丹。

  

  一入港，主角就聽到街上的人在討論西班牙艦隊封港的事，而「海上旅團」也對此事感到棘手，無法出港戰鬥。主角來到佛雷德瑞克府後，發現「海上旅團」司令官埃格蒙特、佛雷德瑞克等重要人物都在此處商討對策，當主角到來時，大家都為主角能突破封鎖感到很驚訝。當主角告知來意時，佛雷德瑞克卻表示因為西班牙艦隊封港的關係，他必須留在這，不能和主角回倫敦，就在主角怎麼苦勸都無效時，亞瑪麗婭走了進來，並對佛雷德瑞克說有一個人無論如何都說要進來見他，所以她把他帶了進來。原來是馬克萊格爾，馬克萊格爾負傷到來並表示萊薩為了要復仇，決定再次出擊，馬克萊格爾也一同去了，沒想到又遇到埋伏，除了馬克萊格爾勉強突圍以外，其他的人都被抓了。

  馬克萊格爾表示需要援助，但是佛雷德瑞克卻因封港的事仍在猶豫不決。此時馬克萊格爾火了，並對佛雷德瑞克曉以大義，再加上埃格蒙特也幫忙說話，表示他會盡力守住阿姆斯特丹，要佛雷德瑞克放心。於是佛雷德瑞克才下決心跟主角、馬克萊格爾一同前往救人。

 

   出了佛雷德瑞克府，佛雷德瑞克向馬克萊格爾詢問萊薩被抓去哪，馬克萊格爾表示應該在奧波多。到了港口，三人準備突破封鎖線，正當主角、馬克萊格爾成功突破時，佛雷德瑞克卻被西班牙艦隊所包圍，眼見就要走投無路了，忽然間包圍佛雷德瑞克的船艦被擊沉了，原來是「海上旅團」的司令官埃格蒙特帶兵出來掩護，讓佛雷德瑞克能順利的離開前去救人。

 

  三人很快的趕到了奧波多，一入港就發現當初抓走萊薩的那條船，三人便分頭找尋萊薩的下落。
主角在城中繞了一圈卻無所獲時，在銀行旁巧遇佛雷德瑞克，佛雷德瑞克表示馬克萊格爾好像在酒館有發現線索，於是兩人趕往酒館，發現馬克萊格爾正在痛扁兩個西班牙士兵，打到他們都快不省人事了。佛雷德瑞克趕緊上前制止馬克萊格爾，免得兩個士兵都被打到無法說話，問不出萊薩的下落就慘了。

  經過一番拷問，西班牙士兵表示萊薩已經被帶離此地，前往里斯本。主角與馬克萊格爾對話完後，馬克萊格爾正準備起身，卻忽然一陣虛弱，佛雷德瑞克上前扶住他，才發現馬克萊格爾背後有道深深的傷口正在淌血，原來之前馬克萊格爾要前來告知萊薩遇襲時就已經受重傷，但為了救萊薩所以一直撐到現在才有點不支。馬克萊格爾要主角不用管他，應該馬上前去里斯本，說完便昏倒了。主角和佛雷德瑞克感受到馬克萊格爾的意志，因此照他的要求立即前往里斯本救萊薩。

  一進入里斯本，兩人便開始搜索萊薩的蹤影。最後在酒館發現了萊薩，輕鬆的解決了看守者，並上前和萊薩與格爾頓打招呼。萊薩等很驚訝佛雷德瑞克的到來，並表示附近有看守的士兵，佛雷德瑞克笑著回說那些肉腳們早就收拾乾淨了。一行人出了酒館，到了港邊，萊薩正要向佛雷德瑞克道謝，佛雷德瑞克卻制止她說話，並說出他真正的心聲，之前的所作所為，只是為了完成夢想，取回自由的大海。為了讓那個夢想成真，希望萊薩能成為他的夥伴，一起奮鬥。

 

   萊薩聽完以後，才想起當初小時候所追尋的目標，及當初和佛雷德瑞克一起的事。最後兩人誤會冰釋，並約定一起為夢想、為取回那片自由的大海而努力。

  之後主角、萊薩和佛雷德瑞克等同伴們就一起回倫敦。

 

 

 

  過了一陣子，主角出任務歸來時，在倫敦遇到了佛雷德瑞克，他並帶來了克林格利奧艦隊已經整編完成，正向英國而來的消息。兩人立刻前往密德爾頓府告知此事，並要萊薩準備迎擊。正當在準備的時候使者來到，表示女王要接見主角、萊薩及馬克萊格爾等人，佛雷德瑞克表示他會在港口與眾人會合，主角一行便先前往王宮。

  女王詢問眾人與克林格利奧這一戰該如何，萊薩表示她已經不是軍人，會以海賊的身份盡全力去打敗克林格利奧，這樣就算失敗了克林格利奧也無法怪罪到英國上。不過女王卻說，這一戰萊薩應該代表英國海軍出戰，讓西班牙瞧瞧英國的真正實力，正式對西班牙宣戰。女王並請主角、馬克萊格爾一同協助萊薩，為英國盡一份力。

 

  出了王宮，一行人就往碼頭與佛雷德瑞克會合，一同出航，打算在克林格利奧前往倫敦的途中攔截他。最後在奧波多西北方外海發現了敵人的蹤跡。

  

  在奧波多西北方北東大西洋與里斯本海域交界處(15739，3026)，主角等人發現了西班牙艦隊的蹤影，表面上看起來是五艘，分別是旗艦克林格利奧的重型蓋倫帆船一艘，及護衛艦隊軍用蓋倫帆船四艘，他們的頭上都有著驚嘆號。主角等人在確認是克林格利奧的艦隊後，便展開了戰鬥。開戰前，克林格利奧用很輕蔑的語氣表示萊薩自不量力的挑戰行為，萊薩也不甘示弱的表示所有恩怨將在此了結。

  一進入戰鬥，敵人變成旗艦重型蓋倫帆船一艘，護衛艦隊軍用蓋倫帆船六艘，而我方有兩艘輕型蓋倫帆船的萊薩艦，因為軍用蓋倫帆船的人數有8x人，如果真的不得已一定要單挑，請記得用改造過船員數最大的蓋倫系船艦，並帶滿30個地靈印信和三張海軍出動要請書，一開戰就一邊閃炮火一邊放地靈印信，有餘裕的話幫萊薩艦放放修理或外科醫術以免她掛點，之後只要地精印信都放完了，對方炮火應該就構不了威脅，此時就是白兵的時候，要注意是敵方會全部黏過來，所以可能會沒有時間做回復的動作，行動力要省著用，或是適時使用撤收鈴來中斷白兵做回復。護衛艦的白兵並不強，攻只有約八九十，不過旗艦有接近一百五十的攻擊力，所以儘量想辦法炮擊到對方混亂後再衝上去白兵，不然硬上的話可能要分好幾次打才有機會。

 

(戰鬥開始時，提督克林格利奧會出現在戰場西北方，戰場以主線任務進行者為中心，因此如果有白兵的隊友的話，可以以劇情時排在海上的西班牙艦隊為中心點，劇情進行者在艦隊東方點下去，白兵的幫手在艦隊西北方，能看見進行者的距離堵提督)

(敵艦戰力情報：外科手術，修理，快速射擊，彈道學，水平射擊。白兵無技能，但是會丟一些干擾的小道具。)

  經過一番死鬥，主角等人終於擊沉了克林格利奧的重型蓋倫帆船，萊薩很高興的向主角表達勝利後的喜悅，而克林格利奧則不敢相信自己竟然會被擊敗，在聽到擊敗他的人是主角後，更是驚訝，居然是當初那個差點被陷害成功的航海初學者。帶著不甘與悔恨，克林格利奧就這樣葬身北東大西洋，而一切的仇恨，也劃下了休止符。

 

 

  一行人帶著勝利的喜悅回到倫敦，此時威廉傷勢也痊癒了，因此在港口迎接眾人，並傳達女王將為眾人舉辦盛大的授勳儀式的消息，請眾人前往王宮。而佛雷德瑞克在此表示他必須回去阿姆斯特丹和同伴們繼續為荷蘭的獨立而奮鬥，因而辭謝了女王的邀請，並和萊薩約定要一起為取回自由的海洋而奮戰。

  告別了佛雷德瑞克後，主角和萊薩便前往王宮接受女王的表揚，女王表示這一戰的勝利拯救了英國，並表示英國將會更加的強大。

  萊薩在接受表揚後，向主角表示她將會留在海軍，為了夢想而努力，並和主角做了約定，希望主角能成為英國首屈一指的航海家，並且有再會的一天。主角得到密德爾頓家的紋章。